Le 10 mai 1940, les premiers passages de réfugiés belges et les premiers survols d'avions allemands annoncèrent aux habitants de Rémy le début de la Bataille de France.

Le 21 mai, lors d'un combat aérien, un chasseur français (Morane Saulnier 406) s'écrasa sur le territoire communal. Son parachute ne s'étant pas ouvert, le pilote fut tué en touchant le sol. Il s'agit du capitaine Georges Lacombe, chef de l'escadrille V du Groupe de Chasse III/7. Son corps repose dans le cimetière.
Le même jour, la préfecture donna l'ordre à la population d'évacuer le village. L'arrêt provisoire de l'avancée allemande permit aux habitants de revenir dans leurs foyers le 25 mai.

Mais un nouvel ordre d'évacuation fut donné le 7 juin, tandis que les troupes françaises s'étaient regroupées derrière la ligne Weygand. Des défenses furent organisées autour de l'entrée nord du village et une batterie de 75 fut installée au croisement des routes Monchy Humières - Baugy. Les replis successifs conduisirent le 107e RI dans le Compiégnois où une section prit possession du cimetière et creusa des meurtrières dans le mur. Les mitrailleurs combattirent jusqu'à épuisement des munitions. Si certains purent échapper, d'autres furent faits prisonniers et faillirent être passés par les armes. Le nord du village fut fortement bombardé par l'aviation et les canons allemands. Fortement endommagée, l'église servit de lieu de regroupement des prisonniers et des blessés avant leur évacuation.

La population revint dans le village le 27 juin 1940 et subit les affres de l'occupation allemande. Citation à l'ordre de la Brigade “ Déjà citée pour son comportement en 1914-1918, a été à nouveau cruellement meurtrie par les bombardements au cours de la guerre 1939-1945.

Malgré ses ruines, a donné un bel exemple de sang-froid et de patriotisme en participant de son mieux à la lutte contre l'occupant.” De par la présence d'une voie ferrée, la Résistance réalisa quelques actions sur le territoire communal : déraillement d'un train le 27 juin 1944 revendiqué par les FTP, sabotage de la voie ferrée les 4 et 26 juillet.

L'explosion du 2 août

Dans l'après-midi du 2 août 1944, un train de marchandises allemand arrêté en gare de Rémy fut mitraillé par quatre P51 Mustang de la 8e US Air Force (364 Fighter Group 383 Fighter Squadron).

Après une première attaque infructueuse de la patrouille du capitaine Marvin W. Glasgow, la seconde attaque atteignit sa cible et toucha le train transportant… des explosifs. Les tirs du deuxième avion provoquèrent une explosion formidable. Pris dans l'action, le pilote du troisième avion ne parvint pas à se dégager. Son avion explosa et alla s'écraser à quelques centaines de mètres de la gare, dans une rue du village. Le corps en partie carbonisé du Lieutenant Houston L. Braly, pilote d'origine américaine, fut transporté dans un bâtiment proche du crash. Le fleurissement de son corps par la population fut reproché par l'autorité allemande qui fit retirer les bouquets et exigea une inhumation dans le cimetière communal sans autre cérémonie.
Dans le village, le bilan de l'explosion était lourd : une tranchée profonde de 4 mètres et longue d'une centaine de mètres remplaçait la voie ferrée.
Le site de la gare, dont l'horloge resta bloquée à 17h30, et les dépôts de planches de la scierie étaient détruits. Toutes les maisons du village furent endommagées par les effets de l'explosion : toits soufflés, murs abattus, vitres brisées... par les projections de débris. Des morceaux de rails furent retrouvés à plus d'un kilomètre du lieu d'impact…

La commune recensa de nombreux blessés dans la population civile et déplora la mort du jeune Denis Coupelle, 14 ans, tué par un rail projeté.
Le lendemain, 3 août, la voie unique fut bombardée par l'aviation alliée, interrompant le trafic ferroviaire entre Compiègne et Beauvais pendant cinq jours.

Quelques semaines plus tard, avec la progression alliée, les troupes d'occupation se replièrent. Une pièce d'artillerie allemande fut cependant installée devant l'église le 31 août. Elle quitta Rémy dans la soirée.

Le lendemain, 1er septembre, vers 15 heures, deux FFI dans un side-car devançant les forces américaines furent pris à partie par deux soldats allemands cachés dans une maison, au carrefour des rues de l'Eglise et de Francières. Louis Boilet, de Pont-Sainte-Maxence, fut tué.

Les Américains entrèrent dans le village une heure plus tard pour le libérer définitivement. Les importantes destructions subies par la commune lui valurent l'attribution de la Croix de Guerre avec étoile de bronze, médaille épinglée le 3 décembre 1950 par le sous-préfet Patou sur un coussin porté par le jeune Yves Capelle.