Après l'invasion de la Pologne par l'Allemagne, le 1er septembre 1939, la France et le Royaume-Uni déclarent la guerre à l'Allemagne le 3 septembre 1939.
520 000 français sont évacués des zones frontalières comprises entre la ligne Maginot et l’Allemagne.
Le 2 septembre 1939, le gouvernement français fait évacuer de la ville 120 000 personnes.
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Les habitants du Bas-Rhin sont évacués vers la Dordogne, l'Indre et la Haute-Vienne.
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Les fonctionnaires et leurs familles, les services privés et les habitants des 1er et 3e arrondissements de Strasbourg sont évacués sur Périgueux.
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Les habitants des autres arrondissements de Strasboug sont envoyés sur les cantons de Brantôme, Hautefort, Montpon, Montignac, Ribérac et Vergt.
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Les habitants en surnombre des 1er et 3e arrondissements de Strasbourg sont envoyés sur les cantons de Nontron et de Sarlat.
Le maire de Strasbourg, Charles Frey, originaire de Kork en Allemagne, élu depuis 1935, demeure dans sa ville abandonnée, où il ne reste que 3 500 personnes, considérant qu'un capitaine ne peut quitter son navire pour veiller à la sauvegarde des biens laissés par les évacués et à l'entretien de la cité pour y éviter les dégâts.
Le 15 juin 1940, devant l'avancée allemande, Charles Frey, sera contraint à rejoindre ses administrés à Périgueux où il restera toute la guerre.
L'Allemagne nazie envahit la France, la Belgique, le Luxembourg et les Pays-Bas le 10 mai 1940.
Le 22 juin 1940, la France écrasée signe l'Armistice. Les Allemands mettent en place toute une série de mesures pour limiter sur le territoire la circulation des personnes et des marchandises et le trafic postal entre deux grandes zones délimitées par la ligne de démarcation qui sépare la zone libre où s’exerce l’autorité du gouvernement de Vichy, de la zone occupée par les Allemands.
Le 28 juin 1940, jour anniversaire du Traité de Versailles, le Chancelier Hitler est à Strasbourg et la ville devient le siège de l'administration allemande sous l'autorité du Gauleiter de Bade-Alsace. Elle va subir une politique de germanisation très dure, sous l’impulsion de Robert Wagner.
Lorsqu’en juillet les premiers réfugiés reviennent à Strasbourg, seuls les habitants d’origine alsacienne sont acceptés. Les juifs sont refoulés et la synagogue est incendiée. Les noms des rues sont traduits en allemand, la langue française est interdite et les vies associative et religieuse disparaissent.
La propagande s'intensifie et toute trace de la culture française doit disparaître.
Tous les dimanches, les formations politico-militaires traversent le Rhin pour défiler dans les rues des villes alsaciennes : la Hitlerjugend (jeunesse hitlérienne), la S.A. (Sturmabteilung : section d’assaut) , la S.S. (Schutzstaffel : section de protection), la NSKK (Nationalsoziolistisches Kraftfahrerkrops : association des conducteurs)....
Le 10 juillet 1940, les vacances scolaires sont fixées au 15 juillet et la date de la rentrée correspondra à celle en vigueur en Allemagne.
Le 15 juillet 1940 commencent les premières expulsions de Juifs, réalisées par la Gestapo et le 17 juillet 1940 le Gauleiter Wagner déclare "le problème de l’Alsace n’existe plus. Le destin de l’Alsace est définitivement réglé. Le peuple alsacien parle de nouveau la langue allemande, sa langue maternelle".
Les réglementations se suivent.
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Le 26 juillet 1940, la consommation de produit alimentaire est déterminée par des cartes d'alimentations.
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Le 27 juillet 1940, les associations sportives, à caractère confessionnel ou politique sont interdites. Pour les autres associations, elle doivent se déclarer à l'administration civile et leur nom français doit être germanisé. De plus, le port de décorations françaises ou étrangères est interdit.
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Le scoutisme est interdit. Il continua de façon clandestine mais très limitée. Dans la « zone libre », les activités scoutes purent reprendre, notamment pour les jeunes Alsaciens-Lorrains qui s'y étaient réfugiés.
Le 2 août 1940, des médecins commissaires sont mis en place pour créer et faire fonctionner un service de santé civil comme en Allemagne.
À partir de 1942, l’embrigadement est obligatoire et les jeunes d’Alsace et de Moselle sont enrôlés de force dans l’armée allemande. Les malgré-nous sont envoyés sur le front russe et très peu d’entre eux reviendront.