Après l'encerclement des forces franco-britanniques à Dunkerque, les armées allemandes se lancent à partir du 5 juin 1940 à travers la France. Le 15 juin, elles font leur entrée en Franche-Comté. C’est la guerre-éclair. Dans le Jura, elles ne rencontrent pratiquement pas de résistance, l'armée française s'étant repliée sur le Haut-Doubs et la frontière suisse.

L'armistice signé le 22 juin 1940 à Rethondes coupe en deux le Jura par la ligne de démarcation.
Le nord du Jura est occupé par l’armée allemande.
Le territoire le long de la frontière suisse est en zone interdite.

Saint-Claude est situé en zone libre.

Malgré un ressentiment profond contre l’occupant, la majorité de la population reste attentiste et se contente de survivre dans ces moments difficiles, dans l’attente de jours meilleurs.

La ville au climat rude, essentiellement ouvrière et très défavorisée, est dirigée par les socialistes jusqu'au 29 novembre 1940 et fait face aux conséquences de la débâcle. Elle met en place des distributions de pain et de soupes tout en créant un comité cantonal pour le ravitaillement et la reprise économique.
La commune loue un terrain de près de 4 ha à un industriel qu'elle divise en lots de 200 m2 mis à la disposition de l'association des "jardiniers amateurs". D'autres jardins seront créés en 1942¹.
Le Jura socialiste, journal quotidien est interdit et les San-Claudiens ne disposent plus que de l'Echo des Montagne, soumis au contrôle de la censure et plutôt éloigné des aspirations de la population.

Le 29 novembre 1940, le maire est remplacé par une délégation spéciale dirigée par Paul Delacour, nommé maire en février 1941. La nouvelle équipe met en place des cantines scolaires, le 21 septembre 1941² puis un restaurant populaire en mars 1942³.

Le 11 novembre 1942, l’Allemagne rompt les clauses d’armistice par l’invasion et l’occupation de la “Zone Libre” à la suite du débarquement allié en Afrique du Nord. Tout le département est alors occupé.

Durant l'hiver 1942, est créé à Saint-Claude le Mouvement populaire des familles (MPF) pour venir en aide aux plus démunis, mais les pénuries contribuent au rejet du régime de Vichy par la population locale.

Les soucis quotidiens d'approvisionnement des habitants de le commune et l'arrêt de la distribution de soupe populaire depuis le 20 juin 1942 contribuent au succès des grandes manifestations qui se produiront les 13, 14 et 15 mars 1943 contre la Milice et le STO et demandent une hausse de leurs salaires et de meilleures conditions de vie.

Les "passeurs"
Le Jura est un lieu de passage privilégié pour qui veut passer en “zone libre” ou en Suisse. Malgré la surveillance, des milliers de personnes, et aussi du courrier, parviennent à franchir la Ligne de Démarcation dans les deux sens ou la frontière grâce aux passeurs, de simples particuliers ou progressivement de véritables réseaux très bien organisés, mais pas toujours désintéressés.

Le maquis du Haut-Jura
Le vendredi Saint 7 avril 1944 la Division 157 de la Wehrmacht se déploie dans la région de Saint-Claude.  A la suite d'une dénonciation, Jean Duhail, dit le Commandant Vallin, chef du maquis du Haut-Jura en 1943-1944, est arrêté puis torturé et fusillé sous le Rosay.
Vallin avait réussi à persuader les Allemands que les habitants de Viry avaient été contraints sous la menace d'aider le maquis à transporter les conteneurs du parachutage, sauvant ainsi les habitants des représailles.

Le 28 mai 1944, le maquis détruit simultanément les dépôts de locomotives des gares de Bellegarde et de Saint-Claude.
A partir du 6 juin, date du débarquement en Normandie, il participe aux opérations de la région de Bellegarde et Fort l'Écluse. Il exécute des barrages sur les routes de Nantua à Bellegarde, de Saint-Claude à Belleydoux, de Desertin à La Pesse.
Le 12 juillet les Allemands attaquent la région de Saint-Claude par le nord et font sauter les barrages obligeant le maquis à se replier près de Berbois au nord du Crêt de Chalam.
Dans la nuit du 15 août, il attaque le poste du col de la Faucille.
Dans les derniers jours d'août, il attaque La Cure et le Fort des Rousses en liaison avec le maquis de Haute Savoie.
Enfin rejoint par des éléments de la Première Armée débarquée en Provence, il libère Morez.

Après la Libération, le maquis du Haut-Jura s'installe dans la région de Nurieux puis à Saint-Claude en attendant d'être incorporé dans l'armée régulière pour tenir des forts sur le front des Alpes durant le rude hiver 1944 1945.⁴