Les Tsiganes
Les Tsiganes seront internés dans les camps français.
En Franche-Comté, la Feldkommandantur de Besançon dispose dès novembre 1940 du recensement de 65 nomades : 28 dans l’arrondissement de Besançon, 19 dans l’arrondissement de Belfort, 12 et 6 dans ceux de Dole et de Montbéliard. L’arrondissement de Pontarlier a fourni un état "néant". Le département de la Haute-Sâone n’est pas mentionné.¹

Les Francs-maçons
Considérés comme "indésirables", les francs-maçons sont démis de leurs fonctions au sein de l'administration.

Les Communistes
Les communistes considérés comme responsables de la défaite sont pourchassés, arrêtés et internés.

Les réfractaires au STO
A partir de 1943, les réfractaires du STO entrent dans la clandestinité. Certains rejoignent les résistants également pourchassés.

Les Juifs dans le Jura 
Les mesures antisémites et xénophobes se mettent en place.
Alors qu'en juillet 1940 les Allemands refusent le retour des Juifs en zone libre, le 23 juillet 1940, Vichy promulgue un décret-loi permettant de réviser les naturalisations acquises depuis la loi du 27 août 1927. 7 000 juifs français seront ainsi déchus de leur nationalité et refusera leur entrée en zone libre dès janvier 1941.
Le second "statut des juifs", le 2 juin 1941, leur impose de se faire recenser.
Des hommes, des femmes, des enfants, des familles, français ou étrangers, sont pourchassés et persécutés parce que Juifs. Ils seront massivement déportés vers l'Est et exterminés. Très peu survivront.
Près de 76 000 Juifs dont plus de 11 000 enfants seront arrêtés et déportés de France, dont 38 000 à Paris.

Près d’un millier de juifs expulsés d’Alsace en juillet 1940 ont été accueillis et hébergés durant tout le reste de la guerre dans la zone non-occupée du Jura (Source : Vincent Claustre, « l’accueil dans la zone non-occupée du Jura des derniers juifs expulsés d’Alsace en juillet 1940 », article publié dans Travaux 2014 de la Société d’émulation du Jura, Lons-le-Saunier, 2015, pp. 307-342. et article à paraître dans les actes du 39e colloque annuel de la Société d’Histoire des Israélites d’Alsace et de Lorraine (2017).

L’Alsace ayant été annexée de fait au Reich hitlérien après la débâcle de juin 1940, les nouvelles autorités allemandes ont immédiatement organisé l’expulsion des « éléments indésirables », dont en premier lieu les derniers juifs restés sur place, soit entre 2000 et 3000 individus (sur les 25000 individus environ que comptait la communauté avant la guerre et dont la plupart avaient été évacués dès 1939 ou avaient fui devant l’avance allemande). L’opération a été menée en 5 jours, entre le 14 et le 20 juillet 1940. Les premiers convois par camions ont été débarqués en rase campagne au point de passage de la ligne de démarcation de Parcey au sud de Dole (Jura).
Ce flux d’expulsés juifs, totalement démunis et traumatisés, qui venait s’ajouter à la grande pagaille du moment (reflux de l’exode, démobilisés…), a été accueilli en première urgence dans les lycées et écoles normales de Lons-le-Saunier ainsi qu’en d’autres locaux collectifs des environs. Une partie de ce flux a poursuivi son exil vers Lyon et le Sud-Ouest, mais près d’un millier de juifs alsaciens sont restés dans le Jura. Ils y ont été hébergés dans une trentaine de communes de La Bresse et du Revermont, pris en charge financièrement et administrativement gérés par le service des réfugiés de la Préfecture. La plupart y sont restés jusqu’à leur rapatriement en 1945, voire 1946, sans avoir été dans l’ensemble trop inquiétés, même s’il y eut à déplorer plusieurs drames collectifs ou individuels, dont une rafle dans le village de Gevingey (20 déportés dont 2 seuls rescapés).

Communes jurassiennes concernées par cet accueil de juifs expulsés d’Alsace (entre parenthèses: nombre d’individus pris en charge comme réfugiés nécessiteux en janvier 1941)

• au nord-ouest de Lons-le-Saunier : 
  Chaumergy (47), Commenailles (56), Bletterans (45), Desnes (16), Ruffey-sur-Seille (43), Villevieux (16), Larnaud (9), Mantry (26), Saint-Germain-lès-Arlay  (29), Domblans (13), Voiteur (39),
• au sud de Lons-le-Saunier :
  Courlans (11), Messia-sur-Sorne (10), Chilly-le-Vignoble  (10), Frébuans (8), Courbouzon (21), Macornay (35), Trenal (20), Gevingey (33), Cesancey (20), Sainte-Agnès (15), Bonnaud (8), Vincelles (38), Grusse (8), Beaufort (79), Maynal (80), Augea (26), Augisey (15), Cuisia (11 ), Gizia (11), Cousance (47), Digna (7), Balanod (26), Saint-Amour (16), Nanc-lès-Saint-Amour (22), Saint-Jean d’Étreux (16). - Lons-le-Saunier (environ 70)