Alors que le département est occupé par l'armée allemande, la résistance va y être précoce. Le département bordé d’îles et ouvert sur l’océan Atlantique est constitué, de plaines et de plateaux découverts, offrant peu de refuges naturels pour y établir des maquis.

Comme dans toute la France, les habitants du département sont confrontés aux brimades, aux pénuries, au rationnement et aux privations de toute nature.

Une résistance aux origines et formes diverses va se manifester dès l'été 1940 en Charente-Maritime. En juillet et août 1940, plusieurs câbles téléphoniques allemands sont sabotés⁴. Désireux de faire un exemple, les occupants condamnent à mort un jeune homme de 19 ans, Pierre Roche, fusillé à La Rochelle le 7 septembre⁵. Les premiers maquis sont rapidement démantelés : le groupe Fillol (fondé par l'ancien commandant Pierre-Georges Fillol, est démantelé en juillet 1941) ; le groupe Tatave (fondé par Émile Billon et Gustave Bourreau, démantelé en novembre de la même année)248 et, le groupe Germain (fondé par Roger Bolleau, lequel est arrêté et exécuté comme otage au Fort de Romainville le 21 septembre 1942).

Sur le terrain, la répression s'intensifie. Afin de combattre plus efficacement les maquis, les hommes de la Sipo-SD viennent rejoindre les effectifs déjà en place. Un Kommando der Sipo-SD (KDS) est implanté à Poitiers, dont dépend une Aussenstellen (antenne) basée à La Rochelle. Comme dans le reste du pays, Juifs et Tsiganes sont victimes de rafles. Incarcérés notamment à la Prison militaire de Lafond, à celle de Royan ou à la maison d'arrêt de Saintes, ils sont ensuite envoyés au Camp de Drancy , puis dans les camps d'extermination d'Allemagne ou d'Europe de l'Est. Les résistants et les communistes ne sont pas plus épargnés : nombre d'entre eux sont torturés par la Gestapo ou par la Milice, dans les geôles de la Caserne Philippe Henriot , ou de la Prison militaire de Lafond (La Rochelle) ; à la caserne Brémond d'Ars (Saintes) ou à la prison Saint-Maurice (Rochefort)⁶.

Mais à partir de 1942 et surtout à partir de 1943, des groupes structurés se développent.
Le mouvement principal, Honneur et Patrie, groupe résistant non communiste d’origine rochelaise, se rattache à l’OCM et deviendra en 1943, le maître d’œuvre de l’organisation départementale.

Les principaux mouvements de résistance nationaux ont depuis longtemps constitué des réseaux dans le département, notamment Libé-Nord ou l'OCM, dont l'un des représentants locaux est Jean Garnier, dit "Labrousse". À cette dernière, est affilié le groupe Honneur et Patrie de Léopold Robinet et, le réseau Centurie du commandant Lisiack. Cependant, entre le 9 octobre et le 11 novembre 1943, une grande rafle menée conjointement par les services de répression allemands et leurs affidés français, conduit au démantèlement de ces réseaux. Parmi ces arrestations, Jean Hay, député de Marennes qui était un résistant au sein du groupe Honneur et Patrie, est dénoncé et mourra en déportation au camp d'Ebensee. Sur les 80 membres de l'OCM qui comparaissent à Bordeaux, 21 sont condamnés à mort et 38 sont déportés à Dachau, au Struthof ou à Mauthausen⁷.

Dans l’été 1943, des parachutages permettent un début d’armement des groupes qui commencent à préparer un futur débarquement.

La résistance départementale se réorganise immédiatement et le commandant Gaston Thibaudeau dit "Marché" devient chef départemental de la Résistance française en remplacement du général Bruncher⁸. Bien décidés à en finir avec les "terroristes", les Allemands lancent une nouvelle vague de répression dans le courant du mois de janvier 1944. Plusieurs cadres de la résistance sont arrêtés et torturés. Relâché, le chef de la zone nord, Georges Texier, est abattu par la Gestapo le 20 janvier⁹.

La répression aux activités de la résistance est brutale, violente et désastreuse pour les différents groupes.
Les victimes sont nombreuses et, en 1942 et 1943, ils sont décimés les uns après les autres.
Les tribunaux militaires allemands prononcent des condamnations à mort, à la déportation en Allemagne, à la prison.

Le 6 juin 1944, les évènements s'accélèrent, et le débarquement des alliés en Normandie laisse espérer une défaite rapide du Reich. Les actes de sabotages contre les occupants se multiplient et culminent avec l'attentat contre l'important dépôt de munition (le second de France en termes d'importance), des carrières d'Heurtebise le 30 juin. Cette action menée par un jeune homme de 19 ans, Pierre Ruibet — il périt dans l'explosion — porte un coup important à l'organisation militaire allemande au moment où s'intensifie la campagne de reconquête de la France par les alliés¹⁰.

D'importants bombardements touchent le site stratégique de la gare et des ateliers de réparation ferroviaires de Saintes dès le 24 juin, causant plusieurs centaines de morts et la destruction d'une partie du quartier adjacent¹¹. Secondés par les principaux groupes armés de la Résistance (Brigade RAC, bataillon Violette, Francs-Tireurs et Partisans, Maquis Bir-Hakeim), les alliés poursuivent leur avance inexorable à travers la France.

Le 13 août, alors que les blindés alliés sont aux portes de Paris, la ville de Jonzac est la première ville d'importance à être libérée. Puis vient le tour de Saintes (4 septembre), de Marennes (9 septembre), de Rochefort (12 septembre) et de Saint-Jean-d'Angély le lendemain. Le 18 septembre, le général de Gaulle arrive à Saintes, qui abrite de nouveau la préfecture. Alors que des pourparlers officieux ont lieu entre le capitaine de corvette Hubert Meyer et l'amiral Ernst Schirlitz quant à l'avenir de la place de La Rochelle ; le général de Gaulle indique clairement les limites à ne pas dépasser : "Les pourparlers ne devront jamais revêtir le caractère d'une négociation".¹²